3年前の事故で記憶の1部を失った主人公、安部巧 巧が眠っている3年の間に世界には、ポキモンと呼ばれる生物が誕生していた
彼が目覚めると左腕には謎の時計 音声変換ライダーシステム、マウスウォッチが・・・
ある男は言う 「3人の男がライダーシステムを作った 1人は正義の為に 1人は復讐の為に 1人は滅亡の為に・・・」
そして間もなくポキモンの王が復活する